Alla fine del XVI secolo passò ai Matelica e poi ai Marano (XVII secolo). Nel 1695 Carlo II di Spagna investì Gaetano Marano del titolo di marchese di Petruro. La famiglia si estinse alla fine del XVIII secolo con Teresa Marano che sposò Domenico Bonito. Il titolo di marchese passò così al figlio Alessandro Bonito.

Tra il 1927 ed il 1945 Petruro perse l’autonomia amministrativa e fu aggregato a Chianche.

Nel 1950 al nome Petruro fu aggiunto l’aggettivo “Irpino”, con chiaro riferimento al distretto storico-geografico dell’Irpinia.

Petruro Irpino sorge in posizione panoramica su uno sperone roccioso nella media Valle del fiume Sabato, là dove si insinua nella località conosciuta come Stretto di Barba.

Risulta essere il secondo comune meno popolato della provincia.

Grazie allo SPRAR dal settembre 2017 la popolazione è aumentata, accogliendo 20 richiedenti asilo.