In epoca preromana il territorio era abitato da popolazioni sannitiche, benché si ignori quale tribù (Pentri o Hirpini) controllasse l’agro sangiorgese.
Gli studiosi contemporanei ritengono comunque che il più probabile confine storico tra Sanniti Pentri e Hirpini fosse costituito dal fiume Tammaro, per cui appare più verosimile che l’area dell’attuale San Giorgio, essendo situata a oriente del fiume, fosse occupata dagli Hirpini.

Il territorio comunale si ingrandì notevolmente agli inizi del Cinquecento a seguito dell’acquisizione del feudo di Pietramaggiore, precedentemente autonomo.
San Giorgio la Molara fu a sua volta possesso feudale delle famiglie: Gaetani dell’Aquila d’Aragona (XV secolo–1543), Carafa dei principi di Stigliano (1543–1569), Cossa (1587–1620), Caracciolo (1620–1764) e infine del cardinale Fabrizio Ruffo nel 1801 sino alla fine della feudalità nel 1806.

Nel 1626 San Giorgio fu concesso in titolo di ducato a Giovanni Caracciolo.

Nel quadriennio 1743-46 il suo territorio fu soggetto alla competenza territoriale del regio consolato di commercio di Ariano nell’ambito della provincia di Principato Ultra. Nel corso dell’Ottocento, all’epoca del regno delle Due Sicilie, San Giorgio la Molara fu poi capoluogo di circondario (con giurisdizione su altri due comuni) nell’ambito del distretto di Ariano.