Le prime testimonianze riguardo al feudo di Sante Marie ci arrivano dal sopracitato catalogo dove viene elencato il numero di militi da prestare all’imperatore, in base alla consistenza demografica dei vari feudi, e i feudatari dell’epoca. Il borgo di Sante Marie fu incluso tra i possedimenti dei figli di Oderisio De Ponte, Rainaldo signore di Tagliacozzo e Teodino signore di Tremonti. All’indomani della battaglia di Tagliacozzo, risultò investito come feudatario di Sante Marie e Scanzano Francesco De Ponte; nel 1279 invece il signore del luogo fu il conte di Albe, l’angioino Oddone di Tuzziaco (Oddo di Toucy).

Nel periodo della dominazione colonnese, le terre di Sante Marie, incluse nel ducato di Tagliacozzo, furono sotto il dominio spagnolo. Nel 1743, quando gli austriaci penetrarono nel regno di Napoli, venne registrata la loro presenta anche a Sante Marie. Negli anni a seguire ci fu una carestia (1764) e una grave siccità (1779).

Con l’editto di Saint Cloud (1804) Napoleone Bonaparte stabilì che le sepolture venissero effettuate fuori dalle mura cittadine. Sante Marie si adeguò cessando di seppellire i propri morti nell’ossario della chiesa sepolcrale di San Nicola e aprendo un nuovo cimitero alle porte del paese, successivamente smantellato.

I Colonna rimasero al potere fino al 1806 quando il re di Napoli Giuseppe Bonaparte abolì di fatto il feudalesimo. Pochi anni dopo, nel 1811, il ricostituito comune di Sante Marie venne incluso nel distretto di Avezzano.
Con il ritorno dei Borboni nel 1815 cominciarono ad esser migliorate le vie di comunicazione con il Lazio e i territori limitrofi dell’Abruzzo. La situazione restò tuttavia ancora critica perché agli itinerari che passano per Sante Marie vennero preferiti quelli diretti e provenienti da Avezzano. Nel 1861 Sante Marie si aggregò al Regno d’Italia in seguito ai plebisciti popolari indetti in quello stesso anno nel sud Italia.

Il 20 gennaio 1944, verso le ore 10, dodici caccia-bombardieri americani attaccarono il centro storico che in quel periodo, per via degli sfollati da Avezzano, città che fu più volte bombardata, contava più di 2.000 residenti. Quando videro i dodici aerei i cittadini non si preoccuparono di mettersi al riparo perché più volte era successo che passassero aerei per bombardare altre città più grandi, ma quella volta fu diverso. Gli abitanti, sgomenti, ebbero a malapena il tempo di ripararsi nelle loro case. Le vittime furono in totale 28. 

L’azione fu rapida e durò meno di dieci minuti, un arco di tempo in cui le bombe caddero sul palazzo di Serafino Rossi alla Casata, abbatterono un piano del caseggiato all’angolo tra via delle Tre Cannelle e via Roma e raderono al suolo un intero agglomerato di case in zona Palatera, esattamente a via Como, area ribattezzata “Lo Spallato” per ricordare la distruzione delle bombe. Molte bombe non esploderono subito ma solo la sera procurando ingenti danni alla piazza successivamente intitolata “Largo 20 gennaio”

La causa del bombardamento è forse legata alla presenza nei pressi di Tagliacozzo di una cellula Alleata che segnalava gli spostamenti delle truppe tedesche e gli obiettivi da colpire. A Sante Marie i nazisti avevano requisito la villa dell’avvocato Mari e vi avevano installato un’officina dove lavoravano delle Osttruppen, la villa si trova a circa un chilometro dal paese e a poche centinaia di metri dalla stazione. I tedeschi si dimostrarono subito crudeli nei confronti della popolazione tanto che il quarantasettenne Francesco Di Berardino fu passato per le armi con l’accusa di aver tagliato i cavi del telefono sul monte Faito. Antimo Ermili invece fu ucciso da un colpo di rivoltella mentre reclamava la restituzione del bestiame requisito. 

Una quarantina di antifascisti si radunò intorno al parroco e capo partigiano don Beniamino Vitale che formò la cosiddetta “banda del Bardo”. Dunque l’obiettivo del bombardamento avrebbe dovuto essere quello di cercare di interrompere la ferrovia Roma-Pescara, bombardando la stazione, e di colpire il comando tedesco presso la villa dell’avvocato Mari ma, forse per via di una segnalazione errata del controspionaggio, gli esiti del bombardamento sono stati ben diversi. Al momento di ritirarsi la villa dell’avvocato venne fatta saltare in aria con l’esplosivo. Una targa apposta successivamente in una parte della villa non danneggiata in modo irrimediabile ricorda l’occupazione nazista.