In realtà il toponimo “Abbate” dello stesso luogo era molto più antico, risalendo alla seconda metà del XV secolo, quando l’abate dell’abbazia di S.Spirito di Palermo, Giovanni de Osca, vi fece costruire una torre, successivamente inglobata nel palazzo Migliaccio-Termine, insieme ad alcune case ed un fondaco. Nel tempo il nucleo originario si ingrandì, diventando il “Villaggio dell’Abbate”, e ricadendo amministrativamente nel comune di Monreale. Successivamente l’abitato passò al comune di Palermo da cui si rese autonomo nel 1858, diventando quindi Comune.

Villabate era fino agli anni Sessanta un paese agricolo, ma con il boom edilizio ettari di agrumi, la ricchezza del paese, furono estirpati per lasciare posto alle abitazioni per i palermitani che fuggivano dal centro ancora non ricostruito dopo i bombardamenti della Seconda guerra mondiale.

Nel 2011 la giunta comunale di Villabate, con un atto di indirizzo, ha chiesto alla Regione di indire un referendum popolare per l’annessione a Villabate di Portella di Mare, attualmente frazione del comune di Misilmeri.